1680年（康熙十九年），郑经及陈永华先后死去，权臣冯锡范拥郑经幼子郑克塽继位，后施琅率清军攻克澎湖，郑克塽乃于1683年（康熙二十二年）降清，结束了郑氏在台湾23年的统治。

    1684年（康熙二十三年）4月，台湾正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，设台湾府，辖台湾县、凤山县与诸罗县。

    平定沙定洲后不久，定北王艾能奇在征讨东川的战斗中，中毒箭牺牲，孙可望收编了其所部，势力却仍不足于跟李定国、刘文秀的联军抗衡，只得暂时隐忍不发，跟李定国、刘文秀保持着一团和气。

    跟永历朝廷的谈判，却因为孙可望的漫天要价而迟迟没有结果。李定国知道原因，但为了大军的团结，不得不闷在心里。

    其时，李定国等已经过了充分的准备，出兵攻湖南，先取沅州（今湖南黔阳）、靖州（今湖南邵阳），继攻广西桂林，大败清军，逼得清军主帅、定南王孔有德自杀。

    紧接着，李定国又于衡阳设伏，阵斩了清援军主帅、亲王尼堪，让之所率的十万大军全军覆没。

    贵州、川南也相继被大西军所平定，大西军再次建立起以云贵为中心的新基地。

    永历朝廷的处境却如江河日下，瞿式耜被杀后，永历帝逃到梧州又逃到南宁，南宁再陷落，逃到濑湍，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府，答应每年向永历帝送钱送粮，以供皇室开销，永历帝则允许孙可望今后的大小战事，可以先斩后奏。

    孙可望奉迎永历帝，当然不是要找一个人回来管着自己，他的目的很快就被永历帝识破了，暗中派出使者向李定国求救。

    因为孙可望斩杀跟自己盟誓力保永历帝的黄文选，李定国对孙可望已甚为愤怒，接到永历帝的诏命，哪敢怠慢，在孙可望部下白文选的帮助下，秘密接永历帝进入云南。

    孙可望大怒，设计要除掉李定国，被李定国识破，自知不敌李定国，降清。因为其降清，云贵一带的部署暴露无遗，大西军接连遭受惨败。

    李定国虽曾试图跟郑成功所部联络，东西对进，但因为郑成功所部联络不便而耽误了时日，终未能挽回颓势。

    永历朝廷不得不重新考虑退路，讲官刘范主张“入巴蜀，依靠夔东十三家，经营陕洛地区。”；李定国主张“撤入湖南地区，如果获胜六诏可以攻下，如果不胜可以进入越南，召集东南亚诸国反清义士，航海到厦门和郑成功汇合，共同进行抗清。”；勋臣沐天波、权臣马吉翔则主张“退守滇西，一旦事急则逃入缅甸。”

    各方争执不下，待到清军大兵压境，永历帝匆忙选择了后者。

    公元1661年（永历十五年，顺治十八年），清军吴三桂部十万大军进入缅甸，逼缅王交出永历帝。次年，于昆明将永历帝缢杀，南明至此灭亡。

    李定国闻讯，悲愤成疾，于公元1662年六月在勐腊（在澜沧江以西）病逝，时年42岁。

    李定国死后，部下有数千人依其遗言不降，聚于阿瓦河东百里，称为“桂家”。勐腊各族人民亦奉李定国为神，过晋王墓均膜拜，并于后山复建“汉王庙”，每年春节进行隆重祭祀。